黨委辦公室、院長辦公室（合署辦公）
黨委組織部（統戰部、黨校）
黨委宣傳部
發展規劃處（高水平高職院校建設辦）
人事處（黨委教師工作部、教師發展中心、外事辦公室）
財務處（審計處）
教務處（質量管理辦公室）
科研處、校企合作辦公室（合署辦公）
學生工作處（黨委學生工作部、黨委人民武裝部）（大學生素質教育中心掛靠）
處
后勤管理處（基建辦）
紀委辦公室
執紀審查室
工會（離退休工作辦公室， 醫療管理辦公室掛靠）
團委
關心下一代工作委員會
圖書館
信息化建設與管理辦公室
繼續教育學院
資產管理中心（招投標辦公室）
江蘇省交通節能減排工程技術研究中心
新能源汽車工程技術研發中心
創新創業學院
南京交通職業技術學院資產經營有限公司
南京交院培訓中心
江蘇育通交通工程咨詢監理有限責任公司
江蘇省南京交院土木工程檢測所
